目前，保护区内已经发现的野生动物359种，高寒植物267种。野生动物中属国家一类保护动物12种，国家二类保护动物17种。

    自1995年以来，新疆、青海、西藏三省区采取了联合保护新机制，保护区内珍惜野生动物的数量有了明显增长。被人们称为“高原精灵”的藏羚羊在新疆阿尔金山国家级自然保护区内数量已接近3.7万只，占到全国藏羚羊总数的三分之一以上。

    新疆阿尔金山国家级自然保护区管理处（简称阿管处）通过卫星遥感技术初步估算，保护区内目前藏羚羊数量比1995年的1.7万只增加了2万只；藏野驴数量近3.9万头，比1995年增加了2.2万头；野牦牛数量5800多头，比1995年增加了2600多头。其它野生动物数量也有不同程度的增加。阿尔金山国家级自然保护区已经成为高原野生动物的天堂。

在新疆阿尔金山国家级自然保护区内，三只藏原羚在觅食（9月22日摄）。

在新疆阿尔金山国家级自然保护区内奔跑的成群藏羚羊

在新疆阿尔金山国家级自然保护区内奔跑的藏野驴（9月22日摄）。

在新疆阿尔金山国家级自然保护区内奔跑的藏野驴（9月22日摄）